江苏省环境保护烟气监测工程技术中心成立之后，严格执行《江苏省环境保护烟气监测工程技术中心管理办法》。

中心建立一整套与运行相匹配的管理制度，主要包括ISO9001：2000质量管理体系、GJB/Z9001质量管理体系等。

中心对科技人员实行开放式管理，借鉴国内外科研实体运行管理经验，注重制度创新，制定一系列先进、科学的符合市场经济规律的管理制度，采用灵活的市场化激励机制吸引省内、外科研院所和大专院校的高层次人才带成果、技术来淮安进行二次开发、工程化试验和产业化推广。使高层次研发人员集聚工程技术中心，保证中心不断发展壮大。